מערכת ההפרשה מסלקת חומרים מזיקים מהגוף ומסייעת לשמור על ריכוז תקין של מים ומלחים. בכבד מתרחשת המרה של אמוניה, חומר רעיל, לשתנן, שמגיע לכליות ומסולק בשתן. הכליות מבצעות סינון: כל כמות הדם עוברת סינון דרך הכליות בערך כל חמש דקות, ובנפרון נוצרת הפרדה בין תסנין שממנו חוזרים מים וגלוקוז לדם לבין חומרים שנשארים והופכים לשתן. שתן ללא חלבונים וגלוקוז וללא תאים מאפיין אדם בריא. כמות המים והמלחים בשתן תלויה בכמותם בדם, והקליטה החוזרת של מים מבוקרת ע"י הורמונים, לדוגמה ADH בעת איבוד מוגבר של מים.